要求GMP的生物制药企业的目标是确保建立科学、严格的无菌药品生产环境、工艺、操作和管理体系，生产高质量、安全、卫生的药品。因此，生物制药洁净室的环保工程要求我们更加重视避免污染有害的废气和废水进入大气。
生物无尘室废气处理:生物安全实验室含有活性有毒有害微生物，经过过滤灭菌后排放。从手术室排出的废气经过中效过滤器才能排出;生物安全3级实验室排风，需经高效过滤器过滤后，才可排至室外;生物安全4级实验室的排风需要通过两级高效过滤过滤，过滤器只能排在室外，使用带进带出的高效过滤器更安全。
生物无尘室废水处理:众所周知，生物安全实验室排放的废水中基本上含有各种微生物。不同的实验有不同的废水成分，如有害的、敏化的、带病毒的…等等。实验室废水的特殊性要求我们根据其成分对其进行分类收集，在消毒灭菌达标后排放。
